Odbor protiepidemický plní úkoly státní správy v ochraně veřejného zdraví včetně státního zdravotního dozoru v rozsahu oboru epidemiologie.

Základní činností je nařizování, organizování, řízení, popřípadě i provádění opatření k předcházení vzniku a zamezení šíření infekčních onemocnění a v tomto rozsahu též usměrňování činnosti zdravotnických zařízení a jejich kontrola.

Další činností je nařizování mimořádných opatření při epidemii a nebezpečí jejího vzniku, usměrňování činnosti osob poskytujících péči v oblasti provozu a předcházení nemocničním nákazám. Podílí se na úkolech integrovaného záchranného systému a spolupracuje se správními úřady a orgány samosprávy při tvorbě zdravotní politiky regionu. Při své činnosti úzce spolupracuje se Zdravotním ústavem se sídlem v Českých Budějovicích.

Odbor hygieny obecné a komunální Krajské hygienické stanice Jihočeského kraje se sídlem v Českých Budějovicích (správního úřadu - orgánu ochrany veřejného zdraví) vykonává státní zdravotní dozor nad dodržováním zákazů a plněním dalších povinností stanovených zákonem č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví, v platném znění, prováděcími právními předpisy k tomuto zákonu a zvláštními právními předpisy v působnosti oboru HOK a podílí se (opět v působnosti oboru HOK) na činnosti orgánu ochrany veřejného zdraví jako dotčeného správního úřadu při rozhodování ve věcech, které se dotýkají zájmů chráněných podle zákona o ochraně veřejného zdraví a hodnocení a řízení zdravotních rizik.

Odbor hygieny práce se zabývá posuzováním práce a jejích vlivů na zdraví zaměstnance.

Základní činností oboru v rámci státního zdravotního dozoru je kontrola plnění zákonných povinností v oblasti ochrany zdraví při práci, což jsou zejména požadavky na provedení pracovišť, včetně osvětlení, větrání, zajištění vyhovujících mikroklimatických podmínek na pracovišti, dodržování hygienických limitů pro fyzikální faktory, chemické škodliviny a prach v pracovním prostředí, ale i dodržení limitů pro fyzickou zátěž, naplnění ergonomických požadavků pro pracovní místo a pracoviště, dodržování zásad pro práce s biologickými činiteli, vybavení pracovišť sanitárními a pomocnými zařízeními, zásobování pracovišť vodou, ale i zajištění závodní preventivní péče.

Pracovníci odboru hygieny výživy a předmětů běžného užívání KHS Jč kraje, jako zaměstnanci OOVZ, vykonávají státní zdravotní dozor v oblasti týkající se výživy obyvatelstva s důrazem na stravovací služby a v oblasti předmětů běžného užívání. Oddělení HV a PBU v Českých Budějovicích je rozděleno na oddělení HV a oddělení PBU.

Stravovací služba je výroba, příprava nebo rozvoz pokrmů za účelem jejich podávání v rámci provozované hostinské živnosti, ve školní jídelně, menze, při stravování osob vykonávajících vojenskou činnou službu, fyzických osob ve vazbě a výkonu trestu, v rámci zdravotních a sociálních služeb včetně lázeňské péče, při stravování zaměstnanců, podávání občerstvení a při podávání pokrmů jako součásti ubytovacích služeb a služeb cestovního ruchu.

V rámci odboru HV a PBU je vyčleněno oddělení hygieny předmětů běžného užívání, v jehož kompetenci je vykonávat státní zdravotní dozor v rámci správního obvodu KHS Jč kraje ve smyslu ust. § 82, § 84 a § 88 zákona č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů (dále zákon č. 258/2000 Sb.), nad dodržováním zákazů a plněním povinností stanovených přímo použitelnými předpisy Evropských společenství, zákonem č. 258/2000 Sb. a zvláštními právními předpisy k ochraně veřejného zdraví a rozhodnutím nebo opatřením orgánu ochrany veřejného zdraví vydaným na základě těchto právních předpisů u níže uvedeného okruhu výrobků:

Odbor hygieny dětí a mládeže Krajské hygienické stanice Jihočeského kraje se sídlem v Českých Budějovicích - orgánu ochrany veřejného zdraví, vykonává státní zdravotní dozor ve specifické oblasti, která se týká problematiky dětí a mladistvých. Pracovníci odboru jako zaměstnanci orgánu ochrany veřejného zdraví dozorují povinnosti uložené jednotlivým subjektům zákonem č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, v platném znění a jeho prováděcích předpisů. Dále se podílí na činnostech orgánu ochrany veřejného zdraví jako dotčeného správního úřadu při rozhodování ve věcech, které se týkají zájmů chráněných tímto zákonem a hodnocení a řízení rizik a posuzování projektových dokumentací a podkladů pro vydání stanovisek a vyjádření v rámci stavebního řízení podle § 77 zákona č. 258/2000 Sb., v  platném znění.